Το Αρχείο του Ελληνικού Ινστιτούτου Βυζαντινών και Μεταβυζαντινών Σπουδών Βενετίας συνιστά ένα από τα πολυτιμότερα πολιτιστικά αγαθά που απόκεινται στο ίδρυμα. Πρόκειται για αρχειακά τεκμήρια που χρονολογούνται από το 1498 έως το 1954 και αφορούν την ιστορία της ελληνικής Αδελφότητας στην πόλη των τεναγών αλλά και ολόκληρου του βενετοκρατούμενου Ελληνισμού (Stato da Mar). Τα χίλια περίπου κατάστιχα, οι εκατοντάδες φάκελοι και τα λυτά έγγραφα φυλάσσονται, από τις αρχές του 17ου αιώνα μέχρι σήμερα, στο μικρό δωμάτιο (camerino) δίπλα στην επιβλητική Sala del Capitolo, όπου συνεδρίαζε άλλοτε η ακμαία Αδελφότητα. Το 1822 ο Κωνσταντίνος Καβάκος, έμπορος και πρόεδρος της Κοινότητας, συνέταξε το πρώτο ευρετήριο του Αρχείου (Inventario dell’archivio eretto nell’anno 1822), ενώ το 2008 η τότε διευθύντρια του Ινστιτούτου Χρύσα Μαλτέζου ταξινόμησε εκ νέου όλο το αρχειακό υλικό και συνέταξε νέο Οδηγό του Αρχείου.

Στο Αρχείο σώζονται έγγραφα που αφορούν: α) την οργάνωση και τη λειτουργία της Αδελφότητας και της Κοινότητας, μεταξύ των οποίων ο καταστατικός χάρτης του σωματείου (Mariegola), δουκικά γράμματα, μητρώα μελών, πρακτικά συνεδριάσεων και ευρετήρια κινητής περιουσίας· β) την εγκαθίδρυση, την οργάνωση και τη διοίκηση της εκκλησίας του αγίου Γεωργίου των Ελλήνων στη Βενετία, την ίδρυση της μητρόπολης Φιλαδελφείας και της μονής των Ελληνίδων, μεταξύ των οποίων πατριαρχικά γράμματα και παπικές βούλες αλλά και κατάλοιπα ιερέων· γ) την εκπαιδευτική και φιλανθρωπική δραστηριότητα (εκπαιδευτήρια και νοσηλευτικά ιδρύματα που λειτούργησαν στα πλαίσια της Κοινότητας)· δ) το οικοδομικό έργο· ε) την οικονομική διαχείριση (διαθήκες, δωρητήρια και έγγραφα διαχείρισης κληροδοτημάτων – μεταξύ αυτών και τα αρχεία εμπόρων που έζησαν και δραστηριοποιήθηκαν στη Βενετία)· στ) τα κατάλοιπα των λογίων Σπυρίδωνος και Ιωάννη Βελούδη· ζ) τα ληξιαρχικά βιβλία της ελληνικής Κοινότητας του Λιβόρνου (1760-1938) και άλλα.

Τη χρονική περίοδο 2006-2008, στο πλαίσιο του προγράμματος «Ψηφιοποίηση, καταλογογράφηση και τεκμηρίωση του Αρχείου του Ελληνικού Ινστιτούτου Βυζαντινών και Μεταβυζαντινών Σπουδών και ανάπτυξη πολυμεσικών πολιτιστικών και εκπαιδευτικών εφαρμογών» του Επιχειρησιακού Προγράμματος «Κοινωνία της Πληροφορίας (Μέτρο 1.3)», ψηφιοποιήθηκαν 42 κατάστιχα (τμηματικά ή ολόκληρα), 209 λυτά έγγραφα και 7 χειρόγραφα.