Ο θεσμός των υποτρόφων είναι η σημαντικότερη ίσως προσφορά του Ελληνικού Ινστιτούτου Βυζαντινών και Μεταβυζαντινών Σπουδών Βενετίας. Είναι άρρηκτα συνδεδεμένος με την εκπαιδευτική και συνάμα επιστημονική αποστολή του. Αποτέλεσε τη βασικότερη από τις φροντίδες του Ινστιτούτου, από τον πρώτο μάλιστα χρόνο ίδρυσής του το 1962, φροντίδα που ανακινεί πολύτιμες ιστορικές μνήμες του Φλαγγινειανού εκπαιδευτηρίου. Η υποτροφία καλύπτει τη διαμονή του ερευνητή και μόνον ενώ το ύψος και η διάρκειά της περιγράφεται στην προκήρυξη.

Οι υπότροφοι του Ινστιτούτου διαθέτουν υποχρεωτικά την ελληνική ιθαγένεια, κατέχουν πτυχίο εκπαιδευτικών ιδρυμάτων ανώτατης εκπαίδευσης της ημεδαπής ή της αλλοδαπής – στην τελευταία όμως περίπτωση, αναγνωρισμένο από τον επίσημο Διεπιστημονικό Οργανισμό Αναγνώρισης Τίτλων Ακαδημαϊκών και Πληροφόρησης (Δ.Ο.Α.Τ.Α.Π.). Επιλέγονται μετά από συγκεκριμένη διαδικασία, η οποία περιγράφεται στην σχετική προκήρυξη υποτροφιών και προβλέπεται από τον Κανονισμό του Ινστιτούτου.

Η διαδικασία αυτή βασικά συνίσταται στην κατάθεση φακέλου που περιλαμβάνει την ερευνητική πρόταση και τα συναφή δικαιολογητικά του υποψηφίου και ολοκληρώνεται σε δύο φάσεις: στην αξιολόγηση της πρότασης από δύο εξωτερικούς κριτές, υπό καθεστώς ανωνυμίας του υποψηφίου, οι οποίοι είναι αναγνωρισμένοι επιστήμονες στο επιστημονικό πεδίο που ανήκει η πρόταση· και στην προσωπική συνέντευξη των υποψηφίων που επιλέχθηκαν στην προηγούμενη φάση, παρόντων όλων των μελών της Εποπτικής Επιτροπής του Ινστιτούτου. Ο φάκελός υποψηφιότητας κατατίθεται στην έδρα της Εποπτικής Επιτροπής η οποία τον μεταβιβάζει στο άμισθο Επιστημονικό Συμβούλιο το οποίο και αξιολογεί την κάθε περίπτωση ξεχωριστά μετά από εισήγηση εξωτερικών κριτών. Τα τελικά αποτελέσματα δημοσιεύονται στην ιστοσελίδα του Ελληνικού Ινστιτούτου. Οι επιτυχόντες υπογράφουν σύμβαση σύμφωνα με τα οριζόμενα στην Προκήρυξη. 

Οι περισσότεροι εκ των επιλεγμένων υποτρόφων εκπονούν προγράμματα έρευνας σε αναγνωρισμένα ιδρύματα ανώτατης εκπαίδευσης της ημεδαπής ή της αλλοδαπής· είναι υποψήφιοι διδάκτορες ή μεταδιδάκτορες, σε αναγνωρισμένα ερευνητικά πεδία. Τα θέματα έρευνας καθορίζονται από τον υπότροφο, σε συνεργασία με το ίδρυμα ανώτατης εκπαίδευσης με το οποίο συνεργάζεται σε ακαδημαϊκή βάση. Ο Πρόεδρος του Ινστιτούτου λειτουργεί συμβουλευτικά ως προς την έρευνα του υποτρόφου και ελέγχει ως προς την συνέπεια και σοβαρότητα εκτέλεσης των υποχρεώσεών του. Κάθε υπότροφος υποβάλλει έκθεση σχετικά με την πορεία της εργασίας του, σε τακτικά χρονικά διαστήματα, στον Πρόεδρο του ιδρύματος. Οι υπότροφοι υποχρεούνται να διαμένουν στην έδρα του Ινστιτούτου, αν και υπάρχει πρόβλεψη για δικαιολογημένη, βραχεία απουσία τους, πάντα μετά από σχετική άδεια, προκειμένου να καλύψουν desiderata της έρευνας σε άλλα αρχεία και βιβλιοθήκες του ιταλικού χώρου.

Τα θέματα των διατριβών και των επιστημονικών μελετών που εκπονούνται από τους υποτρόφους ερευνητές εντάσσονται σε όλο ο εύρος της βυζαντινής και μεταβυζαντινής ιστορίας, της νεότερης ελληνικής και της ευρωπαϊκής ιστορίας, της ιστορίας της τέχνης, των θεσμών. Ιδιαίτερη έμφαση δίδεται στη ιστορία των ελληνικών περιοχών υπό βενετική κυριαρχία και στα ειδικότερα ζητήματα που ανακύπτουν από τη συνύπαρξη του ελληνικού με το λατινικό στοιχείο, λόγω του πλούτου σε τεκμήρια των βενετικών αρχείων και βιβλιοθηκών. Οι διατριβές και οι πρωτόλειες μελέτες των υποτρόφων του Ινστιτούτου έχουν πλουτίσει τη βιβλιογραφία μέχρι σήμερα με σημαντικά έργα και τεκμήρια ιστορίας, ιδιαίτερα για τις σχέσεις του μεσαιωνικού ελληνισμού με τη Δύση και την παρουσία των Ελλήνων στη Βενετία.