Μια άλλη κατηγορία ερευνητών είναι οι εκείνοι που φιλοξενούνται από το Ινστιτούτο Βυζαντινών και Μεταβυζαντινών Σπουδών Βενετίας μετά από αίτημά τους, για τη διενέργεια έρευνας στα βενετικά αρχεία και τις βιβλιοθήκες. Ο αριθμός των ερευνητών αυτών είναι μικρός, λόγω του περιορισμένου αριθμού των δωματίων και των ξενώνων που διαθέτει το Ινστιτούτο.

Σύμφωνα με τον Κανονισμό Φιλοξενίας Ερευνητών, το Ινστιτούτο δύναται να φιλοξενεί στις εγκαταστάσεις του επιστήμονες έλληνες και αλλοδαπούς κατόπιν εισηγήσεως του Προέδρου προς την Εποπτική Επιτροπή και σύμφωνα με τον τρέχοντα Κανονισμό Φιλοξενίας που έχει συστήσει το Άμισθο Επιστημονικό Συμβούλιο. Η διάρκεια της φιλοξενίας δεν δύναται να υπερβαίνει τον ένα μήνα.

Το αντικείμενο της έρευνας ή της συνεργασίας αφορά θέματα ιστορίας, φιλολογίας, θεολογίας, ιστορίας της τέχνης, αλλά και συναφών ανθρωπιστικών κλάδων, κατά τη βυζαντινή και μεταβυζαντινή περίοδο. Κάθε αίτημα φιλοξενίας θα πρέπει να υποβληθεί στον προβλεπόμενο χρόνο και να συνοδεύεται από τα σχετικά δικαιολογητικά. Οι σχετικές φόρμες υποβολής βρίσκονται στην ιστοσελίδα του Ινστιτούτου και, αφού συμπληρωθούν με επιμέλεια, πρέπει να υποβληθούν ηλεκτρονικά, στη Γραμματεία του Ινστιτούτου.

Η αίτηση περιλαμβάνει τεκμηριωμένη περιγραφή της έρευνας, τα στοιχεία που θα αναζητηθούν στις βιβλιοθήκες και στα αρχεία της Βενετίας, καθώς και τον χρόνο που προβλέπεται για τη διεξαγωγή της. Ειδικά οι μεταπτυχιακοί φοιτητές και οι υποψήφιοι διδάκτορες προσκομίζουν επιπλέον συστατική επιστολή του επιβλέποντα καθηγητή, στην οποία θα πρέπει να αναφέρονται οι στόχοι της υπό εκπόνηση έρευνας.

Οι φιλοξενούμενοι ερευνητές καταβάλλουν το προβλεπόμενο από τον εκάστοτε Κανονισμό αντίτιμο για κάθε διανυκτέρευση κατά την άφιξή τους στη Βενετία. Με το ποσό αυτό καλύπτονται οι ανάγκες συντήρησης και καθαριότητας των δωματίων.

Μετά τη λήξη της παραμονής τους, οι φιλοξενούμενοι παραδίδουν στη Γραμματεία του Ινστιτούτου εμπεριστατωμένη έκθεση πεπραγμένων. Στη συνέχεια οφείλουν να αποστέλλουν αντίτυπο από τις ολοκληρωμένες εργασίες τους (άρθρα, μελέτες, αυτοτελείς εργασίες) για τη Βιβλιοθήκη του Ινστιτούτου.